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『エストポリス伝記II』の魔法は、町の店でお金を払って1つずつ買い、覚える仕組みです。どの魔法を覚えられるかはキャラクターごとに決まっていて、ガイとハイデッカは魔法を使えません。マキシムは炎の魔法と移動の魔法、アーティは即死の魔法を覚えられず、光の攻撃魔法ガ・イス系はアーティだけが使えます。分類は回復・移動・攻撃・補助の4つです。攻撃魔法は炎・水・氷・雷の4属性に3段階ずつと、光の2段階、即死の2段階があります。名前は「フ・レイ」「ウオ・ム」「レ・ギ」のように、中黒で区切った短いカタカナが特徴です。魔法は対象を1体にも複数にもでき、複数にすると威力が分かれます。回復魔法はアンデッドに使うと攻撃になります。前作『エストポリス伝記』では魔法をレベルアップで覚えていましたが、本作では購入制になりました。名前の多くは前作から引き継いでいますが、前作の爆発の攻撃魔法ラ・ギ系、全体回復のエストナ・エスティア、石化を治すアンストなどはなくなり、光のガ・イス系、魔法防御を上げるザルジアン、部屋の仕掛けを戻すリセトなどが加わりました。毒を治す魔法も、前作のポイゾナから本作ではポイズナに変わっています。